Teresa de Jesús estuvo en Malagón hasta cuatro veces, según las fuentes, para fundar allí un convento, tal y como lo había acordado con su amiga y benefactora Luisa de la Cerda.

Se conocían desde hacía años e incluso la santa la había acompañado durante una temporada en su residencia de Toledo al quedarse viuda en 1562. Su esposo poseía el título de Señor de Malagón por lo que las dos se decidieron a hacer allí una de las fundaciones, la que sería la tercera de las diecisiete que llegó a hacer Teresa de Jesús.

Llegan a Malagón el 1 de abril de 1568 y unos días después se instalan en las casas de la Quintería que se convierten en el convento provisional.

En mayo se marcha para hacer la fundación en Valladolid dejando pendiente la de Malagón aunque si se había dedicado a buscar el lugar apropiado para instalar a la comunidad de carmelitas descalzas, un olivar a las afueras del pueblo.

En 1570 vuelve Teresa de Jesús a Malagón pero no se avanza en la creación del nuevo convento.

Sería en 1575 cuando firma con Luisa de la Cerda las escrituras de propiedad del futuro convento que estipulan la duración de las obras. Firman el 30 de junio y la construcción no debe alargarse mas de tres años.

En mayo de 1576 ya tienen todos los permisos y autorizaciones y se comienza a construir la nueva casa.

En 1578 Teresa de Jesús pasa por Malagón a la vuelta de Toledo y observa los retrasos de la obra que debía estar acabada para finales del año siguiente.

Ella misma se ofrece para trabajar en la obra, junto con algunas de las monjas.

De este modo, el 8 de diciembre de 1579, día de la Concepción, las monjas se trasladan desde las antiguas casas al nuevo convento.

Santa Teresa permanece con ellas hasta febrero de 1580 y no volverá a visitar el convento ya que fallecería en 1582.

El convento sigue estando ocupado, en la actualidad, por religiosas carmelitas descalzas. Del conjunto cabe destacar el retablo de la iglesia. De estilo barroco y realizado por el escultor Germán López Mejías en el siglo XVIII esta muy considerado por su gran belleza y detallle.