La fundación del convento de carmelitas de Padrón se debe a la obra de Alonso de la Peña Rivas Montenegro, a quien Felipe IV nombró obispo de Quito en 1653. En Quito fundó varios conventos carmelitas y al morir en 1678 dejó a su sobrino, Juan Domínguez Fabeiro, una dotación de 40000 pesos para fundar un convento carmelita en Padrón. Tras morir Domínguez Fabeiro en 1698 se hizo efectiva la donación a los frailes carmelitas de Latacunga en el Virreinato de Perú.

Así, en 1715 llegaron a Padrón fray Juan del Santísimo Sacramento, fray Juan de Santa Teresa y fray Juan de San Joaquín para llevar a cabo la fundación. Mientras preparaban los trámites para el nuevo convento, se situaron en el casal de Burgonovo, extramuros, donde fundaron un hospicio. Mientras preparaban la fundación del convento en terrenos de los marqueses de Parga, Tomás de los Cobos y Sotomayor y su esposa, María Josefa Rosa Castro Bolaño.

Tras obtener los permisos del cabildo de Santa María de Iria Flavia, del arzobispo de Santiago de Compostela y del consistorio de Padrón, fray Juan de la Madre de Dios, presidente del hospicio carmelita de Padrón, toma posesión el 1 de agosto de 1726 de los terrenos de Agro de Fisterra y Cortiña do Carballal, que más tarde se ampliaría con la posesión de Agro da Trabanca, donada por los marqueses de Parga el 15 de abril de 1728.

Durante el siglo XIX se desarrolló la recta final de la vida del convento. Durante la Guerra de la Independencia, el convento sufrió graves daños, y aunque la comunidad pudo regresar y sobrevivir a la exclaustración desarrollada por la Ley sobre monasterios y conventos de 1820, en 1835 el convento cerró definitivamente sus puertas tras aplicarse la exclaustración decretada por Mendizábal.