El convento de carmelitas descalzas de Zumaia fue el resultado de la inciativa de Francisca Labayen Hernández de la Torre, conocedora de la orden a través de Fracisco Bouquer, un paisano suyo que había estado en contacto con la orden en indias. En un principio Francisca Labayen creó un beaterio en su propia casa, Torreateca, a esperas de obtener los permisos para fundar el convento, pero muy pronto contaron con la oposición del concejo de Zumaia.

La situación aumentó de intesidad en incluso en 1601 tuvieron intervenir las Juntas Generales de Gipuzkoa, pero pronto se recondujo la situación y al permiso del obispo, con el que ya contaban, se unieron los permisos de las autoridades civiles, por lo que, el 19 de octubre de 1609 se funda el que sería primer convento carmelita de Gipuzkoa. La fundación terminaría sería ratificada por el Consejo de Castilla que emitió una real facultad en 1613. Durante el siglo XVII se desarrollarían las obras de adecuación del convento, en 1685 se construye el hostay y en 1692 se comienza la construcción de la iglesia, siendo terminada dos años después.

El convento de San José perivió en Zumaia desde su fundación hasta marzo del año 2008 cuando la comunidad de monjas se mudó a Hondarribia.