No se sabe cuándo fue fundado exactamente el Convento de San Juan Bautista de Chinchilla de Monte-Aragón, pero probablemente ocurrió en los años sesenta del siglo XIV. La fundación se atribuye a los descendientes de don Juan Manuel, infante de Castilla. Estaba situado extramuros de la entonces villa.

El convento apoyó al antipapa Benedicto XIII durante el Cisma de Occidente (1378-1417), lo que permitió que los frailes llevasen una disciplina menos firme que otras comunidades. En 1398 el rey Enrique III de Castilla autorizó al convento a adquirir todas las viñas, casas y heredades que los vecinos de la villa quisiesen cederles, lo que incentivó las donaciones al convento para evitar la presión fiscal. De esa manera, el convento aumentó considerablemente su patrimonio a lo largo de los siglos XV y XVI. Debido a sus problemas de disciplina, no se unió a la Congregación de la Observancia hasta 1508, siendo uno de los últimos conventos dominicos en hacerlo.

El convento fue clausurado temporalmente durante el Trienio Liberal (1820-1823) por la Real Orden de 29 de abril de 1821 sobre el arreglo de conventos de la provincia de Murcia, en cumplimiento de la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. El convento fue suprimido definitivamente por los decretos de exclaustración de 1835.