En 1612 los carmelitas descalzos de la localidad de Bujalance acudían a predicar a Montoro y allí fomentaron el culto a la virgen del Carmen. Tras varios años predicando, la devoción a esta virgen fue muy intensa, por lo que, en 1626 fray Álvaro de San Alberto pudo fundar una cofradía dedicada a esta virgen que se situó en el templo parroquial de San Bartolomé.

En 1682 los carmelitas seguían gozando de mucha fama entre la población por lo que lograron fundar un hospicio en 1682, que sería el primer asentamiento carmelita en la zona. El establecimiento de los carmelitas no fue visto con buenos ojos por los franciscanos que intentaron frenar la nueva fundación, pero el conflicto acabó de forma favorable a los carmelitas el 10 de diciembre de 1688, cuando el cardenal Salazar, muy amigo de la orden, otorgo licencia para fundar un convento.

La primera piedra es colocada el 25 de abril de 1689 y termina de ser construido hacia el año 1770. Pero llegado el siglo XIX acontecieron una serie de sucesos que llegaron a terminar con la vida del convento. Primero sufrió una exclaustración en 1810, durante la Guerra de la Independencia, cuando se ejecutó la supresión de las órdenes regulares decretada por José Bonaparte, años más tarde fue la exclaustración decretada por Mendizábal la que supuso el cierre definitivo del convento.