En los tiempos de fundación del convento de San Onofre, La Lapa era un arrabal de Zafra, donde en 1447 el conde de Feria, Lorenzo Suárez de Figueroa, edificó una ermita dedica a San Onofre. Más tarde una bula papal de Inocencio VIII, de 5 de marzo de 1449, autoriza a Gómez Suárez de Figueroa la fundación de dos conventos, uno sería el que nos ocupa, y otro el de San Benito en Zafra. De San Benito dependerían todos los conventos de la provincia observante de Santiago, en la cual se integró en un primer momento el convento de La Lapa.

En 1507 San Onofre pasaría a formar parte de la Custodio del Santo Evangelio, que es el antiguo nombre por el que se conocía a la provincia seráfica descalza de San Gabriel. No obstante, el convento de San Benito en Zafra, que seguía siendo observante, retuvo al convento de San Onofre, que no pudo integrarse plenamente en la provincia descalza hasta 1517.

San Pedro de Alcántara, una de las principales figuras del reformismo descalzo y patrono de Extremadura, fue padre guardián en el convento de San Onofre. Allí estuvo entre 1532 y 1535, fue en este período cuando escribió "Tratado de la Oración y la Meditación", una de las obras cumbres de la mística española. También fue durante estos años cuando fue parte importante en el pleito entre la provincia de San Gabriel y la de Santiago, que quería recuperar los conventos que había perdido. Logró mantener las casas a raíz de recuperar un breve escrito ocho años antes por el papa Urbano VIII.

En 1589 Lorenzo Suárez, gran benefactor del convento, realiza la reedificación y ampliación del edifico. Uno de los momentos en el que más religiosos acogió San Onofre es 1678, en el que habitaban el convento 38 frailes. En 1820 número había bajado drásticamente, alojando tan sólo a 11 frailes. Debido a esto, el convento fue incluido en la lista de los conventos a cerrar a partir de la aplicación de la Ley de Monasterios y Conventos de 1820. No obstante, no sería hasta 1835 con la definitiva exclaustración impulsada por los decretos de Mendizábal, que el convento cerrara sus puertas para siempre.