El Convento de San Pedro de Alcántara de Illora fue autorizado por la Regente Mariana de Austria el 16 de julio de 1669. Los franciscanos descalzos llevaban varios años intentando fundar un convento en las cercanías, pero no pudieron hacerlo antes debido a la oposición del arzobispo de Granada. Los franciscanos también discutieron si ubicar el convento en Montefrío o en Illora, decidiéndose por esta última villa debido a su mejor situación geográfica.

Fray Francisco López fue el primer prior del convento. El edificio tardó bastante en construirse debido a la oposición de los vecinos afectados a ceder sus viviendas para ello. Además, en 1680 la iglesia se incendió totalmente. Por estas razones, en 1687 los frailes decidieron reformar y ampliar el edificio, terminando las obras en 1695. El convento conservaba, entre otras reliquias, parte de los restos de San Pedro de Alcántara.

Los frailes vivían de la limosna y de la producción de carne, vino, pescado, aceite, vinagre y jabón. En 1730 el capítulo provincial decidió crear un seminario en este convento para la formación de los frailes, empezando a funcionar al año siguiente. Llegó a contar con más de 40 frailes, así que el edificio se quedó pequeño y tuvo que ser ampliado unos años después. El convento fue abandonado en 1835, cuando el gobierno decretó la supresión de todos los conventos y monasterios españoles.