La fundación de convento se realizó a partir de varios pleitos desarrollados durante años, entre franciscanos descalzos de la Provincia de San Diego y los de San Juan Bautista. Son estos últimos los que fundan en 1641 un hospicio a partir de una casa donada por el notario del Santo Oficio, Cristóbal Aguilar. Al mismo tiempo franciscanos de la provincia de San Diego mendigaban por la ciudad. Esto conflicto de intereses provocó un pleito para ver cual de las dos provincias tenía derecho a establecerse en Málaga.

Los de la provincia de San Diego hablaban de un decreto expedido en 1621 en el que se incluye Málaga en las zonas habilitadas para su provincia, los de San Juan lo negaban. Y por ello el asunto terminó en el propio Vaticano, en un principio los de San Diego utilizaron un documento falso por el que se les dio la razón, pero este punto se solucionó con un breve de Urbano VIII expedido en 1642 que daba a la provincia de San Juan Bautista los territorios pertenecientes a la observancia granadina y los conventos alcantarinos asociados. No obstante los dieguistas obtenían la compensación de poder fundar un hospicio en Málaga.

En 1659 se separa de la provincia de San Juan Bautista, la de San Pedro de Alcántara. En este momento iniciarán de nuevo pleitos contra la provincia de San Diego para obtener el derecho a fundar un convento y obtener la exclusiva de las limosnas. El largo periplo tiene su fin en 1682, cuando Carlos II firma una Real Cédula con fecha 24 de noviembre, por la que autoriza a los frailes de San Pedro de Alcántara a fundar un convento en Málaga. Obtenido también el permiso papal, se podía dar por fundado el Convento de San Pedro de Alcántara de Málaga.

El 15 de diciembre de 1682 se realizó la toma de posesión por parte de fray Pedro de Córdoba, en unas casas donadas por Beatriz de Mendoza y Lorenzo Muñoz de Loaysa, marqués de Bisbiliana. A partir de este momento el convento vivió un gran desarrollo a partir de donaciones y compras, por las que adecuaron las instalaciones y ampliaron el edificio. Un figura benefactora muy importante fue la del regidor Alonso Rentero al que la provincia de San Pedro de Alcántara, en reconocimiento por su labor, concedió el patronato perpetuo de la iglesia conventual.

Le expansión del convento trajo pleitos con los franciscanos observantes, no obstante la Real Chancillería de Granada dio la razón a los alcantarinos, que continuaron con las obras. Así, la nueva iglesia conventual comenzó a construirse el 13 de abril de 1692, siendo inauguradas las obras por el obispo fray Alonso de Santo Tomás y llegando éstas a su fin el 16 de octubre de 1701.

En el s.XVIII el convento mantuvo distintos pleitos con los descendientes del protector del convento, ya que los frailes no vieron posible que fuesen a hacerse cargo del compromiso inicial contraído por Alonso Rentero. En estos años el convento había alcanzado un gran desarrollo y la comunidad de frailes estaba compuesta por 40 religiosos de coro y 10 legos.

En el s. XIX comenzó la decadencia del convento a raíz de los distintas acciones desamortizadoras. Primero José I Bonaparte, a partir del Intendente Cervera, estipula la destrucción del inmueble para construir una plaza pública con mercado. Aunque nunca se llegaron a realizar las obras, sí que se comenzaron, quedando destrozada la fábrica de sayales que poseía el convento. Al terminar la Guerra de la Independencia regresaron al convento, pero en el trienio liberal fueron expulsados por la implantación de la Ley sobre Monasterios y Conventos. Finalmente en 1835 se aplican los decretos de exclaustración de Mendizábal, lo que cierra definitivamente el convento, que es demolido en gran parte en 1837.