El origen de San Pedro el Real se encuentra en la conquista de la ciudad Córdoba el 29 de junio de 1236 por Fernando III. Cómo conmemoración de este importante hecho, se realizaron dos fundaciones religiosas, San Pedro y San Pablo. Es seguro que los religiosos estuviesen asentados en el convento antes de 1245. Un año más tarde, los frailes forman hermandad con el cabildo eclesiástico.

El convento comenzó siendo pequeño, pero pronto contó con el apoyo de las familias más influyentes de la época, como los Cáceres, los Ascargortas, o los Francisco González, que en 1527 hacen construir una capilla de enterramiento junto al púlpito. En el s.XVIII el convento emprendió una serie de reformas y ampliaciones, como la reedificación de la parroquia, a la que fue trasladado el Santísimo Sacramento el 8 de febrero de 1727.

En 1810, durante la Guerra de la Independencia, las tropas francesas, encabezadas por Godinot, toman la ciudad, y el convento ha de cerrar sus puertas debido a las leyes de exclaustración. Durante estos años varios de sus bienes y tierras fueron vendidos. En 1813 los frailes regresan al convento, donde permanecieron hasta 1835, fecha en que se produce el cierre definitivo de San Pedro el Real tras la aplicación de la exclaustración decretada por Medizábal.