El Convento de San Pedro de Pastrana fue fundado por Teresa de Jesús el 9 de julio de 1569. Inicialmente, los duques de Pastrana, Ruy Gómez de Silva y Ana de Mendoza, habían pensado patrocinar un convento de monjas, pero Ambrosio Mariano y Juan Nardusch convencieron a Teresa de Jesús para establecer un convento de frailes. Está considerado como la cuna de los carmelitas descalzos y San Juan de la Cruz ejerció allí como maestro de novicios durante sus primeros años de existencia.

Al principio el convento estaba situado sobre unas cuevas habitadas por ermitaños que rodeaban la ermita de San Pedro, siendo la iglesia inaugurada el 20 de enero de 1600. Sin embargo, a principios del siglo XVII una tormenta acabó con el edificio primitivo y los frailes decidieron levantar uno nuevo en las cercanías. La ermita de San Pedro también fue reedificada en el siglo XVIII. El convento funcionó como centro de misioneros para África, América y Asia.

Durante el Trienio Liberal (1820-1823), el convento fue suprimido por la Real Orden de 5 de abril de 1821 sobre el número de conventos que debían subsistir y suprimirse en la provincia de Guadalajara, en cumplimiento de la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. Durante ese tiempo los frailes estuvieron repartidos en los conventos de Guadalajara, Cogolludo y Budia. El convento fue suprimido definitivamente por el gobernador civil de Guadalajara en febrero de 1836 debido a los decretos de exclaustración de 1835.