Convento fundando por Real Cédula de Felipe IV fechada el 1 de mayo de 1662. Esta Real Cédula ratificaba el decreto del Consejo Real que permitía el asentamiento de franciscanos descalzos en Priego de Córdoba.

En un principio asentaron a la comunidad de frailes en la ermita de San Luis, pero poco tiempo después, en 1664, hubieron de abandonar el lugar debido su insalubridad. El nuevo lugar de destino sería la Iglesia de San Pedro Apóstol. Esta iglesia fue sometida a una gran renovación para poder adecuarla a las necesidades de la orden, las obras terminaron en 1690.

El monasterio fue un importante centro de difusión del dogma inmaculista, como demuestra el documento de fray Joaquín Cantero y Bermúdez, manuscrito en 1804, titulado "Disertación de los beneficios más singulares que en estos últimos siglos se ha dignado el Señor conceder a esta piadosa e ilustre Villa de Priego de Andalucía en la peregrina imagen de la Purísima Concepción, que se venera en el Convento de S. Pedro Apóstol Franciscanos Descalzos, y la extremada devoción de todos a la dicha imagen".

En 1835 el convento cierra sus puertas debido a la exclaustración decretada por Mendizábal.