El Convento de San Salvador de Calahorra fue fundado en 1552. Inicialmente estaba situado extramuros de la ciudad, en el lugar de la antigua ermita de San Salvador a orillas del río Cidacos, cuya advocación heredó. Debido a las crecidas del río, en 1570 los frailes se trasladaron intramuros, al barrio de Villanueva. El nuevo edificio se construyó a partir de 1573 y fue sufragado mediante donaciones y el producto de la venta de capillas. El convento contaba habitualmente con 34 frailes.

Debido a la utilización de materiales de escasa calidad, el edificio se deterioró al cabo de pocos años. A partir de 1625 se llevaron a cabo obras para reconstruirlo bajo la dirección de Juan de Urruela con fondos procedentes de limosnas y de la cofradía de la Concepción. Debido a los desniveles del terreno, se tuvieron que hacer nuevas reformas a lo largo de los siglos XVII y XVIII. El 15 de mayo de 1727 el convento adquirió nuevas casas en el barrio de Villanueva para ampliar las celdas conventuales y construir una enfermería y una hospedería.

Durante la Guerra de la Convención (1793-1795), el convento tuvo que ser evacuado y fue utilizado como almacén de víveres por parte de las tropas españolas. El edificio sufrió daños por valor de 2.990 reales de vellón, pero el ejército sufragó la reparación posterior. El convento fue suprimido por los decretos de exclaustración de 1835.