El convento fue fundado por los condes de Salazar y señores de Castrillo-Tejeriego, Bernardino Velasco y Aragón y su esposa María Laso de Castrilla, el día 9 de septiembre de 1619. La orden elegida para fundar convento en la villa fue la de los clérigos menores regulares de San Francisco Caracciolo. Ésta decisión probablemente fuera influida por el convento que la orden tenían en Madrid, en la carrera de San Jerónimo, donde los condes poseían una vivienda.

La fundación fue realizada en Madrid e intervino el prepósito provincial de la orden, el padre Andrés González. Los religiosos recibieron el colegio de Santa Ana, fabricado por los propios condes y unas rentas de 1200 ducados y 100 fanegas de trigo. A cambio los frailes reconocían a los condes como fundadores y patrones, les aseguraban su enterramiento, y el de sus descendientes, en la capilla mayor y se comprometían a impartir clases de Teología, Leyes y Artes.

La vida transcurrió tranquila para el convento hasta el siglo XIX en que se produjeron dos exclaustraciones, la primera en 1820, durante el Trienio Liberal. El convento tuvo que cerrar por primera vez sus puertas tras la aplicación de la Ley sobre monasterios y conventos, y aunque los frailes pudieron regresar tras la restitución del poder de Fernando VII, en 1835 el convento cerraría definitivamente las puertas tras ser suprimido por los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.