Francisca de la Cueva, condesa de Luna e hija del tercer duque de Alburquerque y señor de la Villa de Cuéllar, funda un convento para religiosas clarisas en el año 1571.

Desde su fundación y durante el siglo XVII el convento alcanza gran popularidad y vive su mayor apogeo, llegando a formar una comunidad de hasta treinta religiosas, lo que, para la ocupación que admite el edificio, era un número muy alto.

En el último cuarto del siglo XVIII comienza la decadencia del convento. Así llegan a los años de la desamortización, en penosas condiciones, provocando la exclaustración de la casa en 1835.

Ya en 1847 se propone el edificio como sede de la audiencia o la cárcel pero la división del solar en dos partes para facilitar la venta acaba por cambiar los usos. La parte del claustro se transformaría en viviendas particulares, que aún existen, a las que se unió el huerto.

La iglesia llegaría a ser usada como almacén de muebles y otros fines comerciales. En la actualidad es propiedad de una entidad bancaria aunque esta prácticamente destruida debido a un incendio sufrido en 2005.