El convento de franciscanos de Santa Cruz de Villamartín se edificó junto a la iglesia de la Vera Cruz. Este templo fue construido en el siglo XVI sobre la ermita de la Santa Veracruz, de la que tomó su advocación, por lo que el cenobio debió edificarse posteriormente, probablemente en la siguiente centuria.

La iglesia es conocida popularmente como de San Francisco, debido a su asociación con los monjes de la misma orden que se instalaron en el convento aledaño. La importancia de este templo, que destaca en protagonismo ante el cenobio, se debe a que en su interior se juró la Constitución española de 1812.

Tras la desamortización, en 1844 las dependencias conventuales albergaron un colegio de Educación Primaria, uso que mantuvo hasta 1980. Posteriormente el edificio fue restaurado y actualmente funciona como Centro Cultural, además de dar sede a las Delegaciones Municipales de Cultura y de Asuntos Sociales.

En el interior del edificio conventual se halla un claustro, dividido en dos cuerpos y conformado por columnas con arcos de medio punto.

La iglesia presenta una fachada rematada en una espadaña de dos cuerpos. Sobre la portada se sitúa un panel de azulejos con la imagen de San Francisco. En su interior el templo se distribuye en una sola nave en la que alberga retablos barrocos y neoclásicos con tallas datadas en los siglos XVI a XVIII, como la de Santo Tomás, que preside uno de los altares de estilo rococó. Asimismo contiene imágenes de Nuestra Señora de la Soledad, del siglo XVII, de Jesús de la Humildad y la Paciencia, de San Juan de Dios y de San Rafael. En especial destaca la talla de San Antonio con el Niño, realizada en cedro, concertada por Martín Moreno en 1644 con la cofradía de san Antonio.

El Altar Mayor del templo fue donado por el monarca Fernando VII. Este muestra un estilo neoclásico y se encuentra presidido por una talla de un Cristo crucificado (Cristo de la Vera Cruz), datada en el siglo XVI.