El convento de Santa María de Jesús fue fundado por el arzobispo de Toledo Alonso Carrillo de Acuña a petición de la población de Alcalá de Henares, que quería afianzar el cristianismo debido a los numerosos mudéjares y judíos que vivían en la ciudad. El arzobispo accede y permite a los franciscanos asentarse en la iglesia parroquial de Santa María, situada cerca de la muralla de la ciudad, entre las puertas de Guadalajara y las Tenerías.

Las obras para adecuar el lugar comenzaron el 19 de mayo de 1453, día en que se puso la primera piedra, y en 1454 la comunidad de frailes tomó posesión del convento, siéndoles entregadas las escrituras de donación en 1456. El papa Pío II redactó una bula con fecha 17 de julio de 1459 por la que se crea en el convento un Estudio General, el cual poseía cátedras de Artes y Gramática.

En este convento pasó los últimos años de su vida fray Diego de San Nicolás, conocido como San Diego de Alcalá, que falleció el 12 de noviembre de 1463. Según la tradición, quince días después de su muerte sanó a Enrique IV de un brazo, con lo cual el monarca mandó construir una capilla en la portería, donde trabajaba en vida el santo, para colocar su cuerpo. También cuenta la tradición que el cuerpo de San Diego salvó milagrosamente la vida del príncipe Carlos, hijo de Felipe II, por lo que el rey decide limpiar y renovar la capilla. Felipe II visitó Alcalá con motivo de la canonización del San Diego. Por la importancia que tuvo el culto a este santo el convento también era conocido como el de San Diego de Alcalá.

Durante la Guerra de la Independencia el convento terminó gravemente dañado debido a los saqueos efectuados por las tropas francesas. En 1835 el convento tuvo que cerrar definitivamente sus puertas debido a la exclaustración decretada por Mendizábal. Tras ésto el convento es demolido y en 1859 se levanta un nuevo edificio para instalar un cuartel de caballería, que sería conocido como Cuartel del Príncipe o de San Diego.