El Convento de Santa María de Jesús de Lleida fue fundado por fray Francesc Bosc como convento de franciscanos observantes en 1443. Inicialmente, los frailes se instalaron en el hospital de Sant Llàtzer, pero el edificio fue destruido en 1462, durante la Guerra Civil Catalana (1462-1472). Debido a ello, los frailes se trasladaron intramuros, a la casa de Lluís de Coscó, en el Clot de les Monges.

Sin embargo, la oposición de otros sectores eclesiásticos impidió que levantasen allí su convento. Hasta 1477 no se llegó a un acuerdo, según el cual los frailes recibieron la iglesia de la cofradía de San Salvador, al noreste de la Seu. El nuevo edificio se empezó a construir allí en 1480. Tras la supresión de los franciscanos conventuales españoles en 1567, la comunidad adquirió el Convento de San Francisco, pero no lo ocupó. En 1576 se lo cedió a las monjas clarisas de la ciudad.

Debido a la Guerra dels Segadors (1640-1652), los frailes tuvieron que abandonar el convento en 1645 y establecerse temporalmente con los carmelitas descalzos del Convento de San José. El edificio del Convento de Santa María de Jesús fue derribado durante el conflicto, así que los frailes tuvieron que reedificarlo entre 1674 y 1703. Sin embargo, la Guerra de Sucesión (1701-1714) destruyó de nuevo el convento y acabó con la vida de varios frailes. La comunidad abandonó la ciudad hasta 1722.

Tras su regreso, los frailes se establecieron en un lugar junto al río Segre. Allí levantaron un nuevo edificio que permaneció en pie hasta el siglo XIX. Durante el Trienio Liberal (1820-1823) el convento tuvo que acoger a los frailes del suprimido convento franciscano de Cervera por la Real Orden de 16 de mayo de 1821 sobre el arreglo de conventos de la provincia de Cataluña, en cumplimiento de la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. El convento fue suprimido definitivamente por los decretos de exclaustración de 1835.