El convento de Santa María de la Cruz, de Cubas de la Sagra, en la provincia de Madrid, tiene su origen en una ermita de la primera mitad del S.XV. situada a las afueras de la localidad. Esta se había erigido después de una, «aparición» de la Virgen a una pastorcilla de la localidad. En torno a esta se establecerá un beaterio, en 1464.

A este beaterio llegará a profesar, una joven de 15 años, huyendo de imposiciones paternales, en 1496. Ya profesa, la que será, Sor Juana de la Cruz, más conocida como Santa Juana, llevará a cabo una intensa labor espiritual, llegando a ser abadesa, y favoreciendo que el cenobio, se acogiera bajo la Tercera Orden franciscana y pase a ser monasterio. Alguna fuente, a punta al Cardenal Cisneros como artífice de esta fundación.

El convento disfrutó de la donación de importantes personajes, de la Monarquía y la Corte del S.XVI. Será una institución influyente y centro de peregrinación.

Sufrirá las consecuencias de los avatares históricos y políticos del país, como, invasión de las tropas francesas, desamortización de Mendizábal o su destrucción en la Guerra Civil, siendo destruidos, no sólo, su fábrica, sino también su biblioteca y su archivo.

Ya en el S.XX la fábrica del edificio es reconstruida por la institución de «Regiones Devastadas», y reiniciará su vida monástica en 1943.