La fundación del convento se hizo por deseo de Nicolás Gaspar Felipe de Guzmán, Principe de Astillano y Duque de Medina de las Torres, y su mujer María Alvárez de Toledo. En 1683 compraron una finca junto al Convento de las salesas y la iglesia de Santa Bárbara en Madrid para construir el edificio al que debían trasladarse religiosas del convento de carmelitas descalzas de Ocaña.

Encontraron trabas para sacar adelante el proyecto pero gracias al apoyo de la reina Maria Luisa de Orleans, mujer de Carlos II, consiguieron las licencias para la fundación.

De este modo, el día 9 de septiembre de 1684, toman posesión del nuevo convento para la orden las ocho religiosas de Ocaña, entre ellas la que sería fundadora y priora hasta su muerte en 1697, María Francisca de los Ángeles.

El propio Nicolás Gaspar Felipe de Guzmán ejerció el patronato sobre el convento hasta 1689, año de su fallecimiento. Legó al convento numerosas y valiosas obras de arte como una Inmaculada de Pedro de Mena, tapicerías bordadas en oro y plata de gran valor y numerosas obras píctoricas. Ademas les cedió la propiedad de los terrenos del convento incluyendo la huerta.

El convento se convirtió en uno de los principales para los miembros de la corte y se vieron favorecidas por diferentes reyes.

Así, en el mismo año de la muerte del fundador, el propio rey Carlos II se hizo cargo del patronato del convento de Santa Teresa.

Ya bajo el reinado de Felipe V, en los primeros años del siglo, la iglesia del convento fue derruida pero se construyó una nueva que se terminaría en 1719. Para su interior, el hijo del fundador, donó el famoso cuadro de la Transfiguración de Giulio Romano copia del original de Rafael encargada a su taller.

Durante el Sexenio Revolucionario, en 1868, las monjas fueron obligadas a abandonar el convento. Acabaron instalándose con las salesas en el convento vecino pero ambas comunidades serían de nuevo expulsadas y enviadas al convento de concepcionistas de El Pardo. Finalmente, en 1869, el convento fue derruido. Se habia realizado un proyecto para abrir las calles Campoamor, Argensola y Santa Teresa y levantar viviendas cruzando el solar que ocupaba el convento y su iglesia.

En 1894 las carmelitas descalzas abandonarían El Pardo para instalarse en un nuevo convento hecho para ellas en la calle Ponzano de Madrid, en el distrito de Chamberí que por entonces era el límite de la ciudad. Alli aún existe una comunidad de carmelitas descalzas.