El Convento de Santiago de Vélez-Málaga fue fundado el 15 de diciembre de 1498 mediante una real cédula de los Reyes Católicos, aunque los frailes no tomaron posesión del mismo hasta el 20 de noviembre de 1499. Su origen estaba en la comunidad franciscana que había ocupado una antigua mezquita desde la reconquista de la ciudad en 1487. Las obras del edificio, junto a la parroquia de Santiago, fueron sufragadas por los propios monarcas y el concejo de la ciudad, que aportó una limosna anual de 3.000 maravedíes. Posteriormente, el concejo continuó sosteniendo al convento mediante limosnas anuales, obsequios en especie y donaciones de objetos litúrgicos. En los siglos XVII y XVIII se efectuaron reparaciones en el edificio gracias a nuevas limosnas y donaciones testamentarias.

El convento disponía de un amplio claustro con una fuente que servía para el riego de la huerta. Hasta el siglo XIX, el número de frailes osciló en torno a los 30. Disponía de estudios de gramática y de una cátedra de filosofía. También contaba con lectores de moral desde 1635 y de artes desde 1793. Asismismo, los frailes cubrían las necesidades religiosas de los cortijos del partido de Alcaucín.

El convento sufrió daños con el terremoto y la peste de 1804. La Guerra de la Independencia (1808-1814) le afectó más gravemente. En mayo de 1809 la comunidad de frailes entregó algunas de sus alhajas de plata a la Junta Suprema Central y después tuvo que abandonar el edificio durante el resto del conflicto. Algunos frailes se alistaron para combatir a los franceses.

El convento fue restaurado en 1813, pero el número de frailes se había reducido a 15. A partir de 1816, el convento se encargó de la educación de los niños pobres de la ciudad mediante un lector de artes, un maestro de gramática y un maestro de escuelas pías. El convento no fue afectado por la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. Fue abandonado definitivamente en septiembre de 1835 debido al Real Decreto de 25 de julio de ese año suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos. La iglesia continuó abierta al culto durante varios años.