El convento fue una fundación personal de los propios Reyes Católicos, que otorgaron la cédula fundacional en Almazán el día 21 de noviembre de 1495, aunque antes, el 31 de diciembre de 1494, Diego Vargas, encargado de realizar el repartimento, delimitó el emplazamiento del futuro convento. A la nueva fundación le serían otorgadas ocho casas, una mezquita, doce tahullas de huerto, un baño y los dos tercios de la mitad de los habices de la mezquita mayor de Almería.

La toma de posesión del convento se llevó a cabo el 18 de enero de 1495, siendo el encargado de representar a la orden de los dominicos, fray Mateo de Valladolid. Ya entrados en el siglo XVI se emprenden obras para sustituir los edificios islámicos por otros de nueva planta, acordes a la arquitectura religiosa de la época. Es también en este siglo cuando el convento adquiere fama en Almería al adquirir y ocuparse del culto de la imagen de la Virgen del Mar, encontrada en 1502 entre los restos de un naufragio, y que pronto obtendría gran popularidad. En el siglo XVIII nuevas obras llevaron a cabo la renovación y ampliación del lugar, así, en 1728 se construyó el claustro.

La vida del convento llegó a su fin en 1835, cuando se aplicaron los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.