La historia del convento de Santo Domingo de Azpeitia comienza con la fundación de un convento de agustinos por Pedro Arriarán. El convento fue fundado bajo la advocación de San Nicolás Tolentino y pasado el tiempo los agustinos decidieron marcharse y ceder la dotación del convento de Azpeitia al convento de San Agustín de Salamanca. Los patronos del convento no estuvieron de acuerdo con esta maniobra, por lo que interpusieron un pleito en la Real Chancillería de Valladolid, que emitió una sentencia el 9 de septiembre de 1590 por la que daban la razón a los patronos, dejándolos libres de emprender una nueva fundación.

Así, Juan de Arriaga y Magdalena de Arriarán, patronos del convento de San Nicolás Tolentino, obtuvieron licencia del obispo de Pamplona, Bernardo de Rojas para llevar a cabo una nueva fundación, el 4 de octubre de 1590. Con esta licencia se dirigieron al provincial de la orden de los dominicos, Bartolomé Muñoz, que autorizó, por escritura del 28 de noviembre de 1590, la fundación de un convento en la antigua casa agustina. La toma de posesión se llevó a cabo el 24 de enero de 1531, tomando la casa el padre Juan de Piña y los religiosos que le acompañaban. El primer prior del nuevo convento de Santo Domingo, sería el padre Agustín Orbaneja.

En 1835 España se encontraba en medio del conflicto bélico conocido como I Guerra Carlista, al estar el convento de Azpeitia situado en zona carlista, no le fueron aplicados los decretos de exclaustración que suprimían la mayoría de conventos masculinos españoles. Una vez terminada la contienda, con la victoria del bando cristino, el convento de Santo Domingo cerró sus puertas debido a una circular de diciembre de 1840 que ordena la supresión de los conventos de Gipuzkoa.