El convento de dominicos de Balaguer fue fundado por Ermengol X, conde entre los años 1268 y 1314, año en que se hizo efectivo su testamento, en el que funda el convento de Sant Domènec dotándole de bienes y rentas. La construcción comenzó en el año 1323, cuando Jaume I de Urgell obtuvo la licencia de Juan XXII, y se tiene constancia de que en el año 1333 ya estaba habitado. La construcción de la iglesia, de una sola nave, continuaba desarrollándose en el año 1350, como demuestra el hecho de que el obispo de Urgell reclamase la finalización de la obra.

En el año 1413 una serie de luchas desembocaron en la desaparición del condado de Urgell. Tras la detención de Jaume II de Urgell, el convento de Sant Domènec fue saqueado y sufrió graves destrozos. Posteriormente Fernando de Antequera, enemigo de Jaume II de Urgell, donó 2.100 florines para su restauración. Otra guerra salpicaría la vida del convento durante el siglo XVIII, y es que, durante la Guerra de Sucesión (1701-1715) la iglesia resultó dañada y necesitó rehabilitarse mediante unas obras que comenzaron en 1716.

El siglo XIX supuso el fin de la vida del convento, durante la Guerra de Independencia (1808-1814) , los frailes abandonaron temporalmente el convento, y finalmente, en 1835 éste fue cerrado definitivamente tras serle aplicados los decretos de exclaustración, del mismo año, por el que eran suprimidos la práctica totalidad de conventos masculinos españoles. El edifico, tras haber sido destinado a varios usos, fue adquirido por los franciscanos en 1881.