Convento fundado en 1579 por el VII duque de Medina Sidonia, Alonso Pérez de Guzmán el Bueno, y por la donante Isabel Gómez. El 4 de febrero de 1810, durante la Guerra de la Independencia, el duque de Aremberg tomó Niebla para establecer un cuartel general, a fin de controlar el condado y, en definitiva, el extremo suroeste de la Península Ibérica. Desde ese momento fue aplicado el Real Decreto, emitido por José I Bonaparte el 18 de agosto de 1809, por el que quedaban suprimidas las órdenes religiosas españolas. Los bienes del convento fueron confiscados y el edifico fue usado por las tropas francesas, lo que provocó un gran deterioro en el edificio. Las tropas francesas abandonaron Niebla a mediados de agosto de 1812 y unos años más tarde, tras el fin definitivo de la contienda, los frailes regresaron al convento, pero en 1835 una nueva exclaustración, resultado de los decretos del mismo año que cerraron la práctica totalidad de conventos masculinos españoles, supuso la extinción del convento.