El convento de San Miguel de la Palma fue uno de los tres primeros conventos dominicos fundados en Canarias, todos ellos fueron iniciativa de fray Domingo de Mendoza, dominico pionero en la evangelización de América. El de San Miguel fue fundado en 1530 en una ermita que había sido erigida por Alonso Fernández de Lugo. Poco después de la fundación del convento, en 1553, Santa Cruz de La Palma fue atacada por el pirata francés François Lecrec, conocido como "Pie de Palo".

Durante el ataque el convento fue dañado por un incendio, lo que provocó el inicio de obras de reparación de los daños, que se realizaban de forma paralela a las de construcción de la iglesia y edificio conventual, que no habían sido terminados aún. Entre las obras emprendidas se encuentran las de las capillas, entre las que resalta la capilla mayor, fundada y edificada por el licenciado Juan de Santa Cruz, regidor, teniente general de La Palma y teniente gobernador de Tenerife.

La vida del convento llegó a su fin en 1835, cuando les fueron aplicados los decretos de exclaustración del mismo año, que suprimieron la práctica totalidad de conventos masculinos españoles.