La fundación del convento de clérigos regulares menores fue iniciativa de Alfonso de la Cruz Bastardo, que entró en la congregación tras la muerte de su esposa. Alfonso de la Cruz hizo valer el testamento de su hijo y heredero Diego, que ingresó en el noviciado de los clérigos regulares menores en Madrid y donó su herencia para fundar un colegio en Málaga. Alfonso de la Cruz llegó a Málaga acompañado de dos religiosos en 1631 y allí se instalaron en unas habitaciones cerca del monasterio de monjas de San Agustín.

Tardaron años en poder efectuar la fundación, ya que ésta contaba con la oposición del clero y de las órdenes que ya contaban con un convento en la ciudad. La ciudad solicitó la fundación en 1637 y en 1648 el rey autoriza a la orden a fundar un Hospicio en las afueras cerca de la Puerta Oscura. En 1665 se produce un nuevo traslado, esta vez cerca de la puerta de Espartería y junto a la ermita de la Concepción. En su nueva casa abrirían escuela de Artes, Teología Escolástica y Moral. Finalmente es en 1673 cuando obtienen la aprobación definitiva y toman posesión de la ermita de la Concepción, sobre las que construirían el convento.

Las obras de la iglesia finalizaron en 1710 y las del colegio en 1721. La iglesia fue construida a partir de la donación de una casa por parte Jerónimo Fernández de Mendoza y Salazar, el 4 de junio de 1701. El convento cerró sus puertas en 1835, cuando fue suprimido a raiz de la aplicación de los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.