La fundadora, María de Jesus de Yepes, había conseguido un breve del papa que le autorizaba a hacer la fundación de un convento. Había llegado a Roma a pie y, según Teresa de Jesús, descalza, como penitencia. Se conocieron en el palacio de Luisa de la Cerda, en Toledo, y les unió el deseo de fundar una comunidad. Teresa de Jesús lo intentaba en su ciudad natal, Ávila, mientras que María de Jesús lo intentó en Granada aunque finalmente se desplazó a Alcalá de Henares donde contaba con el apoyo de Leonor de Mascareñas, aya de Felipe II, quien se haría cargo después del patronato de su convento de carmelitas descalzas.

El origen de la comunidad de monjas de clausura es de 1563. María de Jesús de Yepes, con la ayuda de las mencionadas Teresa de Jesús y Leonor de Mascareñas, funda un primer convento en unas casas situadas en la Plaza de la Victoria de Alcalá de Henares. Se incluía una capilla con retablo mayor y una imagen de Nuestra Señora de la Concepción bajo cuya advocación se funda el convento.

Años después, en 1576, se trasladaron al nuevo y definitivo convento en la calle Imagen. Según algunas fuentes se trataba de un palacio cuyo dueño lo había perdido en un juego de azar y pasó a ser posesión de Luisa de Muñatones que se lo vendió a las monjas en 1575.

Ya definitivamente instaladas, María de Jesús se convirtió en la primera piora del convento bajo la obediencia del arzobispo de Toledo. Muchas jovenes se unieron a su comunidad, entre ellas Luisa de Belén Cervantes, vecina de Alcalá de Henares y hermana del escritor Miguel de Cervantes.

Durante un tiempo, la priora, que no tiene experiencia en la vida religiosa, impone una forma de vida rigurosa que lleva a las monjas a un estado de salud lamentable. Conociendo esta situación, los prelados y la propia Leonor de Mascareñas deciden pedir ayuda a Teresa de Jesús. La propia Leonor pide a su amiga María de Mendoza, benefactora de Teresa de Jesús, que la pida que visite el convento para enseñar a la comunidad de carmelitas de Alcalá la norma que ella ha implantado en su convento de Ávila.

De este modo, en 1576, Teresa de Jesús aprovecha su camino a Malagón para establecerse en Alcalá durante tres meses y normalizar la vida de la comunidad.

De este tiempo se conservan muchos recuerdos en el convento, desde la celda que ocupó hasta la placa en la fachada que indica que la Santa habitó y dirigió el convento.

Arquitectónicamente cabe destacar la fachada de la calle Imagen. A pesar de ser sencilla y austera como la orden indicaba, posee una portada plateresca atribuida a Alonso de Covarrubias. De vuelta redonda y decorada con grutescos, dragones y figuras fantásticas, detalles bastante innovadores en la época.

En el interior, también atribuidas a Cobarrubias, destacan la escalera y el patio. En la actualidad el convento sigue estando habitado y conservado por religiosas carmelitas descalzas.