Para hablar del origen de este convento tenemos que hablar de la Orden de la Inmaculada Concepción. La fundadora de la orden fue Beatriz Meneses de Silva, nacida en 1424. Tras ser dama de honor de la reina Isabel de Portugal, abandona la corte en 1434 para vivir en el convento de Santo Domingo el Real de Toledo, donde estuvo treinta años, hasta que decide fundar su propio convento y orden para rendir culto a la Inmaculada Concepción.

Isabel la Católica ayudó a esta fundación, que se produjo en 1484, con la donación del Palacio de Galiana. En 1489 Inocencio VIII aprueba la creación de la Orden de la Inmaculada Concepción. Impone la regla del císter pero dejando la posibilidad de tener constituciones propias siempre que no contradigan la regla.

En 1490 fallece Beatriz Meneses quedando la fundación inacabada. Eran los años de la reforma monacal del Cardenal Cisneros, por lo que la orden se queda sin tener una adscripción clara a ninguna regla. Finalmente Alejandro VI, con la bula Ex Supernae Providentia, del 19 de agosto de 1494, establece que sigan la regla de Santa Clara (rama femenina de los franciscanos) colocándose bajo la dirección de los franciscanos menores observantes.

La orden se asienta en el Convento de la Concepción de Toledo, que había pertenecido a los franciscanos y sería la casa madre de la orden. El 17 de diciembre de 1511, el papa Julio II a instancia del rey Fernando II de aragón, aprueba la autonomía de la orden mediante el otorgamiento de una regla propia. La nueva regla y constitución es redactada con la intervención del Cardenal Cisneros en 1514. Según la constitución siguen bajo la dirección de los franciscanos de la observancia. A partir de ahora, iban a ser conocidas como "franciscanas concepcionistas".

A partir de estos años es cuando la orden concepcionista experimentó una gran expansión, siendo una de las primeras fundaciones el convento de la Purísima Concepción de Cabeza de Buey, fundado en 1517 por Martín Rol, noble militante de la Orden de Alcántara, que donó varios terrenos comprados por él. El 31 mayo 1523 cuatro sobrinas religiosas de Martín Rol, procedentes del Convento de Santa Inés de Sevilla, inauguran el convento, siendo visitador el mismo día fray Martín del Hierro.

Tres años después, la Orden de Alcántara se opuso al asentamiento de las concepcionistas, produciéndose un conflicto que se solucionó con intermediación de Carlos I, quién pidió un trato más benigno con el convento. Como resultado de ello se llegó a un acuerdo entre las partes. Acuerdo que se materializó cuando el Consejo de Órdenes entregó el convento a los prelados de la orden de San Francisco.

El convento expirementó una expansión y a partir de él surgieron otros conventos en Extremadura. Como en 1533 en que ocho capellanas van a fundar otro convento a Trujillo (Cáceres), en1568, cuando dos religiosas del convento van a Medellín (Badajoz), una como abadesa y otra como provisora y en 1626, cuando a petición de la Orden de Alcántara (franciscana) van cuatro monjas a fundar un convento en Villanueva de la Serena (Badajoz).

El convento sigue existiendo hoy día, y sigue estando habitado por religiosas de la Orden de la Inmaculada Concepción.