El convento de la Concepción Francisca de Cuenca, se levantó, extramuros de la ciudad, sobre el lugar que antes había ocupado la ermita de la Santísima Trinidad, frente a la desaparecida Puerta de Valencia.

Este espacio estaba abierto a las murallas medievales de la ciudad, hoy conocido como barrio de San Francisco, incluido ya en el centro urbano.

Su fundación tuvo lugar a principios de 1500, por iniciativa del canónigo de la Catedral de Toledo y natural de Cuenca, Pérez de Montemayor .

Donaba a las religiosas, el espacio que anteriormente había sido casa de templarios, recursos para la construcción del cenobio y para su posterior mantenimiento, una serie de tierras y heredades situadas tanto en Cuenca como en Toledo.

Se sabe que ya estaba ya edificado en 1504, año en que, se lo entregó a la Abadesa. En la capitulaciones se dispone, siguiendo los deseos del fundador, que sería incorporado a la Orden de la Inmaculada Concepción, de forma semejante a como lo estaba el de Toledo y que la Capilla Mayor serviría de enterramiento para él y sus parientes.

En la actualidad, la iglesia está abierta al culto y puede visitarse, quedando el resto del edificio restringido para la clausura de las monjas.

Del primitivo conjunto del siglo XVI quedan, además del patio adaptado, los tiros de escalera y la portada de la fachada de la iglesia. Esta portada, realizada por Pedro de Alviz, es muy representativa de ese arte plateresco que se desarrolla en Cuenca en la década de los treinta. La portada de la iglesia es barroca, y sobre ella destaca una espadaña de dos ojos. El interior del templo tiene una original planta elíptica.

En el S.XVIII, debido a los conflictos políticos y como consecuencia conflicto bélico de la Guerra de Sucesión (1701-1713), muchos de los edificios de la ciudad de Cuenca se ven afectados. Posteriormente se llevaron a cabo una serie de restauraciones en la ciudad, que dan lugar a la arquitectura monumental que ahora presenta. En 1768, el edificio que nos ocupa se benefició de esta renovación y rehace su iglesia según las trazas del arquitecto turolense, José Martín de Aldehuela.