El convento de la Concepción de Mérida, en la provincia de Badajoz, se fundó gracias a la persona de, Francisco Moreno de Almaraz, un emeritense que hizo fortuna en América, amigo y compañero de armas de Francisco Pizarro en la conquista y pacificación de Perú.

Para ello envió desde Cuzco, el dinero para que se hiciera en su pueblo natal un convento. No vería realizada su obra ya que murió en 1585, antes de la firma formal de su fundación, pero antes de morir dio los poderes necesarios para que comenzaran las obras en el lugar previsto, en el mismo centro de la ciudad, en casas de su propiedad.

De la firma de la escritura y de la fundación y de los estatutos que habían de guardarse y las cláusulas que habían de cumplirse, se encargaron sus sobrinos carnales Alonso Moreno Dalba, el licenciado García Rodríguez Dalba y su sobrino político, Juan Dávalos Altamirano.

Los apoderados que llevaron a cabo sus deseos decidieron que el convento a realizar, fuese de la congregación de las Madres Franciscanas de la Limpia Purísima Concepción. El documento establecía que los descendientes del fundador, cuya línea sucesoria llega en la actualidad a la familia López de Ayala de Mérida, mantendrían el mayorazgo con carácter hereditario.Este hecho permitió que el convento se salvara de la Desamortización de Mendizábal, a mediados del siglo XIX.

Los descendientes firmaron las escrituras en 1598. Las condiciones expuestas por su fundador a la abadesa fundadora y religiosas profesas firmantes fueron que, el número de religiosas no excedería de 30, que el fundador se reservaba 5 plazas de las comprendidas en el número anterior para religiosas de su familia, que podrían ingresar sin dotes, y que la abadesa y convento deberían ofrecer para el fundador y familiares fallecidos 6 misas cantadas a celebrar los 3 primeros viernes de Cuaresma, el día de Difuntos y los dos primeros viernes de Adviento y 24 misas rezadas, a celebrar los dos primeros lunes de cada mes.

El convento se desarrolló sin problemas en los primeros siglos de vida.

En 1630 contaba con 40 religiosas, de las que un grupo saldrían a fundar el convento de Guadalcanal, en la provincia de Sevilla.

Durante el S.XIX experimentó un período de crisis pues, durante la primera ocupación francesa, en 1808, el convento queda prácticamente destruido y las religiosas tienen que desalojarlo.

Regresan a la clausura en 1826. En 1834, el convento cuenta con 11 monjas y dificultades económicas, gracias al sacerdote Diego de Salas que, comprometió a la población en la ayuda a las monjas, remontan esta situación

Durante la desamortización, de los cinco conventos femeninos que había en la ciudad de Mérida, sólo la Concepción se libra de su cierre, dadas las condiciones en que el fundador había cedido sus derechos. Además este convento se encargaría de acoger a las religiosas de los otros conventos desamortizados, durante algunos años.

Desde 1863 a 1879 reciben una ayuda del gobierno para rehabilitar su edificio, pero durante la República, el convento se vio sometido al pago de impuestos que les obliga a la apertura de una escuela, para subsistir.

Con el estallido de la Guerra Civil es tomado como cuartel y de nuevo las religiosas tienen que desalojarlo. Regresarían el 9 de Mayo de 1937. Transcurre su actividad con normalidad y ya en 1966 abren el Noviciado Federal.

Las religiosas concepcionistas abandonarán definitivamente el edificio en 2009, debido a su imposibilidad económica para mantener el edificio, y al escaso número de vocaciones. Las últimas religiosas se trasladan al convento franciscano de Mairena de Aljarafe.

Desde entonces el edificio está cerrado e inactivo, aunque se han realizado propuestas para su reutilización, como un comedor social, aprobado por el Consistorio y la Diócesis, esto no se ha llevado a cabo. Por otro lado desde 2010, los actuales descendientes del fundador, la familia López de Ayala en Mérida, están reclamando sus derechos sobre el edificio.