La fundación del convento es de 1577 y la realizaron Francisco Álvarez Bohorquez y su mujer Catalina de Coria Maldonado. La inauguración oficial sería en 1580.

El matrimonio que lo fundó estaba dividido entre donarlo a la orden de San Francisco, el esposo, o a la de los carmelitas, la esposa. Establecieron que aquel que muriera primero perdería la disputa y así, al quedar viuda, Catalina de Coria entregó el convento a las carmelitas.

En el año de su fundación lo habitaron cuatro monjas de clausura. Durante otras épocas de dificultad se trasladaron a Utrera algunas religiosas de la orden desde Granada pero continuaba teniendo pocas monjas. Ya en el siglo XX comenzaron a llegar hermanas de paises africanos que consiguieron organizar una comunidad que ha podido mantenerse hasta la actualidad con veintiuna monjas habitando el convento.

El antiguo edificio sufrió una importante reforma debido al estado ruinoso en el que se encontraba. En 1891, los marqueses de San Marcial y Gibaxa patrocinaron las obras de conservación y restauración.

El edificio actual es menor que el original aunque conserva el huerto, el corral, el claustro, la sala capitular, la hospedería y el torno o sala para la venta de los productos que elaboran las monjas. Todo el conjunto es un buen ejemplo del estilo mudejar en Andalucía.