El origen del convento se encuentra en la permuta de un casa que recibieron los franciscanos en donación, por otra situada extramuros, en la inmediación de la ermita de la Concepción.

En 1684, se autoriza la conversión de esta casa en un hospicio, que cuatro años más tarde es elevado a convento. Las construcciones se sufragaron a partir de las limosnas que las familias más influyentes de Vélez-Rubio otorgaban al convento a cambio de la titularidad de las capillas de la iglesia conventual o de enterramientos. Además en el convento funcionaba una fábrica de sayales que surtía a la provincia seráfica de Cartagena. También ejercía labores educativas en Vélez-Rubio.

Durante la Guerra de la Independencia, el convento sirvió de cuartel para tropas francesas. Tras el fin de la contienda los franciscanos regresaron al convento, emprendiendo obras para reconstruir el edifico, víctima de graves desperfectos. En 1835 el convento cierra definitivamente sus puertas tras la exclaustración decretada por Mendizábal.