La fundación del convento de carmelitas descalzos en Écija contó con la colaboración del propio San Juan de Cruz, como demuestra una carta de éste a la priora de las carmelitas descalzas de Caravaca. Fechada en 1586, muestra la voluntad del reformador carmelita de fundar un convento en Écija. También contó con la colaboración de fray Agustín de los Reyes, que fundó el colegio del Santo Ángel de Sevilla. El convento contó con el patronazgo del regidor Sancho de Rueda Galindo y su esposa María de Biedma y Cárdenas, ambos de familias poderosas de Écija. Para realizar la fundación el matrimonio donó unas casas de María de Biedma.

La escritura fundacional fue firmada ante el escribano Juan Florindo y participaron el regidor Sancho de Ruedo y fray Luis de San Jerónimo, padre provincial de la orden. En esta escritura estipula el enterramiento en la capilla mayor del matrimonio de fundadores y sus descendientes. La toma de posesión tuvo lugar el 19 de septiembre y en 1592 comenzó el proceso de transformación de la parcela urbana recibida a partir de adquisición o permutas de inmuebles para poder emprender la construcción del nuevo convento.

Las obras se irían desarrollando a lo largo de varios años, terminándose la construcción de la iglesia en el s.XVII. Ésta quedó inaugurada el 5 de octubre de 1614. A principios del siglo XVII el convento comenzó un pleito con Sancho de Ruedo y su esposa ante el Arzobispado de Sevilla. La causa era el incumplimiento de la promesa de los patronos de hacer desaparecer un censo de 600 ducados, a favor de Cristóbal Ruiz, que mantenía una de las casas donadas a la orden. El pleito llegó a su fin en 1616 cuando la Real Chancillería de Granada deja libre de patronazgo al convento.

En el siglo XIX una serie de eventos llevaron a la extinción del convento. Durante la Guerra de la Independencia el convento sufrió una primera exclaustración tras la entrada de las tropas francesas en Écija. Éstas ejecutaron el decreto de José Bonaparte por el que eran extinguidas las órdenes religiosas. Los carmelitas regresaron al convento en julio de 1814 cuando había acabado la contienda. Pocos años permanecieron en el convento ya que durante el Trienio Liberal vuelve a ser clausurado en junio de 1821 tras la aplicación de la Ley sobre monasterios y conventos. Una vez más regresan los frailes, el 11 de agosto de 1823 y con el poder de Fernando VII restituido.

El fin definitivo del convento llegará en 1835, año en que se promulgaron los decretos de exclaustración de Mendizábal. Estos decretos fueron aplicados al convento de Écija en agosto de 1835.