Se funda gracias al mecenazgo de Teresa Laíz (-1583) y su marido Francisco Velazquez, junto con la intervención de la hermana de Santa Teresa, Juana de Ahumada y su marido Juan de Ovalle. También intervino el patronato de los Garzala. Los primeros se comprometen a ceder su casa mientras se acometen las obras e ir ampliando las viviendas con otras adquisiciones, obligando a sus descendientes a continuar con ello y exigiendo ser los únicos que se enterraran en la capilla mayor. A la familia Laíz se deben otras donaciones y juros, entre ellas la capilla y altares de la Iglesia.

El 25 de enero de 1571 se traslada el sacramento y se puede considerar oficialmente inaugurado el convento.

En 1582 morirá Santa Teresa en este mismo convento que ella fundó. El monasterio se convirtió, desde su muerte y máxime desde su beatificación (24 de abril 1614) y canonización (12 de marzo de 1621) en lugar de peregrinaje para fieles y admiradores. Se conservan dos de las reliquias más importantes, el corazón y el brazo derecho y el cuerpo incorrupto de la mismísima.

A pesar de los deseos de los fundadores, en la iglesia se haya enterrada también Juana Ahumada, la hermana de Teresa, y su marido. También se encuentra el sepulcro de la familia Garzala.

En 1760 Carlos III dispuso que el 15 de octubre se trasladase el sagrado cuerpo, de la urna de madera, donde descansó 172 años, a la tallada por Jacques Marquez, consagrada por el obispo de Salamanca Pedro de Salazar, en 21 de abril de 1686. Además ornamentó lujosamente el altar.