Por real cédula de los Reyes Católicos (2 de noviembre de 1513, Segovia) se conceden a María Ruiz la Rubiana varias fanegas para la construcción de un monasterio. Tuvo problemas y acudió personalmente a Roma, junto con su hija Lucía de Álvarez, las cuales, gracias a la mediación de Magdalena de Médicis, hermana del Papa, obtuvieron una bula de León X de 7 de junio de 1517, para edificar en el cerro de la cruz un santuario en memoria del monte calvario bajo la regla de Santa Catalina. En 1520 se produjo la llegada de dos monjas carmelitas calzadas, venidas del convento de los Remedios de Écija a las que se unieron.

En 1536 solicitan al obispo de Málaga, Cesar Diario licencia para instalarse en el centro de la ciudad, por las dificultades de la lejanía, adquiriendo el solar pegado a la capilla de las Ánimas de la iglesia parroquial de San Sebastián.

Por la comodidad adquirida, aumenta el número de monjas, ampliándose las instalaciones a partir de la segunda mitad del siglo XVI.

En 1580 se plantea la reforma de la iglesia, que durará 17 años, proveyéndose de los ingresos de la venta del patronato de la capilla mayor de la iglesia a María de Segura, viuda de Fernando de Gálvez (Oidor de la Real Chancillería de Granada). Las obras las dirige Francisco Gutiérrez Garrido, participando Lorenzo de Medina (Coro 1584) y los carpinteros Diego Vaquerizo y Juan Rivas. El resultado fue una iglesia morisca granadina.

En la actualidad está habitado por doce monjas, que se dedican a labores de repostrería y bordado.