La fundación del convento de los carmelitas descalzos en Guadalajara se remonta a la iniciativa de Baltasar Meléndez, licenciado y presbítero beneficiado de San Nicolás, que dejó una donación de 70.000 ducados, además de varios bienes, para fundar un colegio de artes. Baltasar Meléndez fallece en 1631, y ese mismo año los carmelitas comienzan las reuniones con el concejo para obtener los permisos.

Fue fray Alonso de Jesús María, fundador del desierto del Bolarque, el que emprendió las negociaciones con los ediles, que en 1632 autorizaron la fundación del convento siempre y cuando fuese realizada extramuros y no implicase la destrucción de ningún edificio. El lugar elegido fueron unas casas pertenecientes al escribano Luis de Medina. Pronto comenzó la construcción del convento, de hecho el mismo año de su fundación fue diseñada la iglesia por el arquitecto de la orden fray Alberto de la Madre de Dios.

El convento llegó a contar con una numerosa comunidad de religiosos que alcanzó los 70 frailes en el siglo XVII, además por estas fechas contaba con una huerta de gran extensión. La vida del convento llegó a su fin cuando en 1835 fueron aplicados los decretos de exclaustración de Mendizábal y el convento cerro de manera definitiva sus puertas.