El Convento de la Madre de Dios de los Remedios fue fundado en 1440 por frailes de la Tercera Orden Regular franciscana. En 1449 el papa Nicolás V eximió al convento de la jurisdicción episcopal de Córdoba, pero durante los siguientes años los terciarios franciscanos mantuvieron varios pleitos con los franciscanos observantes para evitar estar subordinados a ellos. Inicialmente, el convento estaba situado en el arroyo Pedroche, en las proximidades de la ciudad. Sin embargo, el 24 de mayo de 1602 el cabildo catedralicio autorizó su traslado junto al barrio de Santiago y la Puerta de Baeza debido a la mala situación de su ubicación anterior. Las obras de la nueva iglesia fueron especialmente costosas y esta no pudo dedicarse hasta el 9 de junio de 1716.

El convento gozó de gran influencia en el barrio de Santiago, a tenor de las limosnas y mandas de misas recogidas, así como los nombramientos de frailes como albaceas y padrinos de bautismo por las familias residentes en la colación. El convento también proyectó su influencia a través de las devociones, congregaciones y hermandades establecidas en la iglesia. Contaba con una quincena de frailes en el siglo XVI, pero su número aumentó progresivamente a partir del traslado a la Puerta de Baeza. En el siglo XVII llegó a tener 32 frailes, y a mediados del siglo XVIII disponía de 80. Sin embargo, su número descendió drásticamente a partir de esa fecha.

La Guerra de la Independencia (1808-1814) afectó enormemente al convento. Fue ocupado fugazmente por las tropas francesas en junio de 1808, lo que generó algunos daños. Posteriormente, tras la ocupación de la ciudad y la entrada del rey José I en enero de 1810, el convento fue abandonado en febrero de acuerdo con el Real Decreto de 18 de agosto de 1809 disponiendo que todas las órdenes regulares, monacales, mendicantes y clericales existentes en los dominios de España quedasen suprimidas. Durante el resto de la guerra el edificio fue utilizado como cuartel por las tropas francesas, lo que generó nuevos daños en la arquitectura, el mobiliario y la biblioteca.

Los frailes ocuparon de nuevo el convento tras el fin del conflicto, el 9 de mayo de 1814. Las obras de acondicionamiento no concluyeron hasta 1817. Durante el Trienio Liberal (1820-1823), la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820 obligó a cerrar de nuevo el convento en marzo de 1821 debido a que no contaba con 24 religiosos. Los frailes volvieron a ocuparlo en el verano de 1823, pero los acontecimientos precedentes habían reducido considerablemente su número. Debido a que sólo contaba con 9 frailes en 1835, el convento fue abandonado definitivamente en agosto de ese año en cumplimiento del Real Decreto de 25 de julio suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos. La iglesia siguió abierta al culto durante varios años.