El convento del Sancti Spiritus fue fundado en 1465 por el I vizconde de Palacios de Valduerna, Pedro González de Bazán, posiblemente para hacer frente al convento franciscano de Astorga. El lugar que se usó para habilitar el convento fue una antigua capilla dedicada a San Juan. En un primer momento, el convento cedido a unos frailes que poco tiempo después fueron expulsados por mal comportamiento, tras lo cual, Pedro González cede el convento a los dominicos, de los que tenía buenas referencias. Para dotar al convento, traspasa al nuevo convento los bienes que sus antepasados habían dejada a la capilla de Santa María de Astorga, en ese momento en manos de los franciscanos.

Este traspaso de bienes provocó una serie de pleitos que se fueron desarrollando a lo largo del tiempo. Tras un tiempo de conflicto, los franciscanos acuden al papa Pío II, que nombre como juez apostólico al abad del monasterio benedictino San Claudio de León y como juez al deán de Astorga. El juicio da la razón a los franciscanos, pero el vizconde no reconoce la sentencia y los pleitos continúan. El I vizconde murió en 1476 y fue enterrado en el convento del Sancti Spiritus, tras esto, su hijo Juan de Bazán, buscó un nuevo juez para solucionar el problema con los franciscanos. El nuevo juez fue fray Francisco de Villagarcía, comendador de Nuestra Señora de las Mercedes de Valladolid, pero la sentencia emitida en 1525, seguía siendo favorable a los franciscanos. No sería hasta el siglo XVIII cuando finalizó la disputa al retirar la protección al convento los descendientes de los Bazán.

El convento cerró sus puertas en 1835, cuando se aplicaron los decretos de exclaustración del mismo año que suprimían la práctica totalidad de conventos masculinos españoles.