En 1654 fue reconstruida por los jesuitas Pedro Cáceres y Francisco de Orta. Hacia 1690, Manuel Cañizales, colono antioqueño y minero de profesión, fundó una población en tierras de los caciques Guasebá y Quibdó. En el año de 1702, aumentaron los pobladores y el colono español Francisco de Berro, le dio el carácter de población, mediante acta firmada por los vecinos, con el nombre de "San Francisco de Quibdó".