Para el control del territorio misional las Órdenes religiosas establecieron sus respectivas organizaciones territoriales específicas. En Nueva España los conventos franciscanos se consolidaban geográficamente a través de provincias y custodias. Si el conjunto de conventos era económicamente autosuficiente formaba una provincia y su responsabilidad recaía en un provincial, en el caso contrario, los conventos se integraban en una custodia siendo el custodio su máximo representante. Las primeras fundaciones franciscanas en la región datan de 1531, en 1535 se erigen en custodia, en 1565 los conventos se incorporaronn a la provincia de San Francisco y San Pablo de Michoacán y en 1607 se separan de ella formando la provincia de Santiago de Jalisco siendo su cabeza el convento de Guadalajara.