Bajo la denominación de provincia dependió jerárquicamente de la capitanía general de Guatemala, la Audiencia de Santo Domingo y el Virreinato de Nueva España.

La gobernación de Honduras fue establecida en 1536 bajo la jurisdicción de la Real Audiencia de Santo Domingo.

En 1579 su territorio fue reorganizado en dos provincias y subdelegaciones las cuales se denominaban Partidos, las dos provincias nombradas fueron Comayagua y Tegucigalpa, los partidos eran: Comayagua, Choluteca, Gracias, El Viejo, San Pedro, Sulaco, Tegucigalpa, Tencoa, Olancho, Olanchito, Yoro.

A partir de 1786 formó parte de la Capitanía General de Guatemala, con dos partidos: Comayagua, cuya capital, sede de la intendencia y del arzobispado era Santa María de la Nueva Valladolid de Comayagua, y Tegucigalpa, cuya ciudad principal era la villa de San Miguel de Heredia de Tegucigalpa. La intendencia estaba dirigida por un gobernador-intendente nombrado por el rey. El gobernador-intendente tenía su residencia en Comayagua.

Honduras se declara independiente en 1821.