La ciudad fue establecida en la primera mitad del siglo XII por el príncipe polaco Boleslao IV el Rizado y fue mencionada en documentos históricos por primera vez en el año 1202. Zagan fue declarada ciudad en el año 1285. En los siglos siguientes sirvió como capital del Principado de Zagan a los príncipes de la dinastía Piast. En el siglo XVII formó parte de la propiedad del príncipe Albrecht von Wallenstein. Al fin del siglo XVIII la ciudad pasó a ser parte de la familia de Pedro Biron y después del príncipe de Benevente Talleyrand.

A finales del siglo XIX y a principios del XX, Zagan perteneció como parte de Silesia, en el territorio de Prusia. Después de la Segunda Guerra Mundial pasó a ser parte de Polonia.