Real Decreto de 9 de marzo de 1836 suprimiendo todos los monasterios, conventos, colegios, congregaciones y demás casas de comunidad o de instituto religioso de varones, inclusas las de clérigos seculares, y de las de las cuatro órdenes militares y S. Juan de Jerusalén, existentes en la Península, islas adyacentes y posesiones de España en África. Gaceta de Madrid núm. 444, de 10 de marzo de 1836, páginas 1 a 3.
Durante la Guerra civil, también sufren daños parte de su estructura. Custodia un interesante claustro renacentista, el retablo mayor de la iglesia realizado en estilo barroco en el siglo XVIII y una espadaña de ladrillo realizada en el siglo XVII.
Durante el S.XX, su fábrica sería reutilizada como Escuela Pública y Centro de Salud.
Y durante los años 60 y con posterioridad en el 91 se realizan obras de restauración de su Iglesia y Claustro. Tanto la Biblioteca Iberoamericana de Moguer como el Archivo Histórico Municipal se encuentran en un edificio, adosado a su claustro. Éstos contienen un valioso fondo documental de Moguer y su comarca, junto a una biblioteca americanista de rango universitario, al parecer, muy bien dotada.
El monasterio de San Francisco de Moguer, en la provincia de Huelva, o de Nuestra Señora de la Esperanza, pues se conocía por la advocación de su templo es del siglo XV y fue construido a instancias de Pedro Portocarrero, señor de Moguer y su mujer Juana de Cárdenas.
Pero en el año 1482, en el marco de la reorganización de la Orden franciscana que es llevada a cabo por el cardenal Cisneros, se traslada al solar que ocupa actualmente y cambia de nombre.
Este convento se crea para dar cabida a la comunidad de monjes del convento del Corpus Christi, fundado en 1337 por el almirante mayor de Castilla y señor de Moguer, don Alonso Jofre Tenorio, y de su esposa Elvira Álvarez . El convento se había quedado pequeño para la comunidad e impedía llevar a cabo su labor social y pastoral con la población.
De el nuevo convento, de San Francisco, partieron algunos evangelizadores hacia Nuevo Mundo durante los siglos XVI, XVII y XVIII, siglos de esplendor e influencia de este convento en la villa. Su templo fue reformado en el siglo XVII y una vez más, tras el nefasto terremoto del siglo XVIII, de Lisboa.
Subsiste gracias a sus rentas, limosnas y donaciones.
Lleva a cabo funciones de enseñanza entre la población, pues contaba con escuela pública y una cátedra de Gramática.
Sufrió, la ocupación napoleónica en 1810, siendo saqueado, y las medidas desamortizadoras de Mendizábal, desalojándolo sus monjes en el siglo XIX.
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