El convento se funda en el año 1503 y sus obras comienzan el año siguiente gracias a los esfuerzos y al deseo de hacer una fundación de Carlos Ramírez de Arellano y su esposa Juana de Zúñiga, Condes de Aguilar.
Desde el Convento de Tordesillas llegarían tres religiosas clarisas para confirmar la nueva fundación.
Resistirían hasta el año 2001 cuando, debido a la falta de vocaciones y por ser una comunidad pequeña y de avanzada edad, además del estado ruinoso en el que se encontraba el convento, se vieron obligadas a abandonarlo.
Desde entonces permanece cerrado.
Tres religiosas del convento de Tordesillas partieron hacia Entrena, en La Rioja, para poder ocupar un convento recien construido y en el que hacer la nueva fundación clarisa.