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Las llamadas zonas polémicas aluden a las áreas en torno a las fortificaciones, consideradas zona táctica o de carácter estratégico. La documentación referida a las zonas polémicas es la más abundante y de mayor interés. En cada oficina se divide en tres grupos: 
  
Expedientes de zonas polémicas. Se trata, principalmente, de los expedientes de quienes solicitaban edificar en sus propiedades situadas dentro de los límites de las zonas polémicas, o bien efectuar cercados, reparaciones o ampliaciones en las mismas. 
En general pueden contener la instancia de solicitud, informes de la respectiva comandancia, disposición de concesión o denegación y documentación gráfica (plano de situación de la finca y proyecto de la obra a realizar). 
Además de denuncias de obra fraudulenta en las zonas y solicitudes de obras, se encuentran otro tipo de solicitudes, entre las cuales: 
- Solicitudes para instalar "industria" o negocio temporal (establecimientos de recreo, baños de mar, puestos de refrescos y comestibles.) 
- Solicitudes de compra de piedra procedente de fortificaciones demolidas. 
- Solicitudes de permiso para explotar canteras. 
- Solicitud de arriendo de patios de cuarteles, de hierbas de fosos, glacis, fuertes, etc. 
- Solicitud e permiso para depositar materiales. 
- Solicitud de información sobre límites, distancias, etc. 
- Solicitud de practicar estudios de medición, dibujar edificios militares, recorrer alguna zona, etc. 
- Solicitud de resarcimiento o indemnización, generalmente por ocupación de terreno para obras militares o derribo de construcción durante los distintos conflictos del siglo XIX (Guerra de la Independencia, revueltas, guerras carlistas...), y en ocasión por materiales empleados en construcciones militares o en adecuación de edificios para destino militar. 
Tanto en la Dirección-Subinspección como en las distintas comandancias se archivaban por orden de apellidos, bajo la denominación de "Personal vario" o "Personal general". 
  
Zonas polémicas en general. Correspondencia y expedientes. 
En este apartado se puede encontrar documentación sobre amojonamiento y modificaciones de las zonas, solicitudes de los ayuntamientos, concesiones para la extracción de arcillas en las zonas, abusos e infracciones y otros variados asuntos referentes a las zonas polémicas. 
  
Relaciones de caserío. En ellas se indican las construcciones existentes dentro de las 1.500 varas del camino cubierto/ de las fortificaciones de la plaza (o sea, construcciones dentro de Zonas Polémicas). Relaciones anuales, remitidas por las distintas comandancias a la Dirección-Subinspección.