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Fue nombrado en noviembre de 1807 capitán general de Cataluña, probablemente temiendo la invasión francesa. Cuando llegó a su nuevo destino, en febrero de 1808, estaban ya acantonadas a las puertas de la ciudad las tropas francesas de Duhesme. Pasó la guerra de independencia en Cataluña, y tras su negativa de jurar lealtad a José Bonaparte, fue enviado a Francia en septiembre de 1808.

El 7 de abril Fernando VII nombró a Ezpeleta director del cuerpo de Artillería, con plaza en el Consejo de Guerra, donde sustituía al cubano Gonzalo O'Farrill, poco después ministro de José I. En esas semanas frenéticas ante el avance francés y la marcha forzada de la familia real a Bayona, el infante Antonio Pascual nombraba a Ezpeleta, el 1 de mayo, presidente de una Junta suplente de Regencia para el caso de que no pudiera constituirse la establecida por Fernando VII al pasar a Bayona; pero dicha Junta nunca llegó a formarse y Ezpeleta no se movió de Barcelona hasta que fue desterrado.