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 Pedro de Valdés recibió en varias ocasiones el título de capitán general. En abril de 1575 se le otorga la capitanía general de la armada de Poniente y Andalucía para acudir al apoyo de Luis de Requesens, gobernador de Flandes. En el contexto de la Guerra de Sucesión Portuguesa (1580-1583), es nombrado capitán general por Felipe II en dos ocasiones, en 1580 para encabezar una armada formada en las islas de Bayona (Galicia) para la guarda de las costas portuguesas hasta Lisboa, y en 1581 para acudir con una armada formada en Lisboa a las islas Azores.

En 1588 participó en la jornada de Inglaterra como almirante de la escuadra de Andalucía, perdiendo su galeón Nuestra Señora del Rosario y siendo capturado por los ingleses.

La documentación de esta serie, por tanto, comprende reales cédulas, provisiones y cartas reales con las instrucciones y órdenes dirigidas a Pedro de Valdés para el ejercicio de sus cargos. De igual modo, se conservan los borradores de los memoriales remitidos por el propio Pedro de Valdés a Felipe II en los que da cuenta del desarrollo de sus empresas.