Alcance y Contenido:

La Secretaría de Aragón gestionaba todos los asuntos relativos a los Tribunales de la Corona de Aragón, Logroño, Italia y América, formados por el:
- Tribunal de Barcelona
- Tribunal de Cerdeña
- Tribunal de Valencia
- Tribunal de Sicilia
- Tribunal de Zaragoza
- Tribunal de México
- Tribunal de Mallorca
- Tribunal de Cartagena de Indias
- Tribunal de Logroño
- Tribunal de Lima. - Tribunal de Navarra

Esta Primera División de fondo está constituida por las siguientes series:
- Procesos de fe: S.1
- Procesos criminales: S.2
- Pleitos civiles: S.3
- Pleitos fiscales: S.4
- Pleitos de competencias: S.5
- Relaciones de causas: S.6
- Relaciones de méritos de reos: S.15
- Cartas de los tribunales de distrito al Consejo de Inquisición: S.9
- Registro de cartas y provisiones del Consejo de Inquisición a los tribunales de distrito: S.10
- Libros de Ejemplares: S.11
- Índices e inventarios de la Secretaría de Aragón del Consejo de Inquisición: S.12
- Consultas del Consejo de Inquisición: S.8
- Reales Decretos y Consultas del consejo de Inquisición: S.17
- Informaciones genealógicas de pretendientes a cargos de los tribunales de distrito: S.13
- Alegaciones fiscales: S.14
- Expedientes de Calificación y Censura: S.7
- Visitas de los tribunales de distrito: S.16
En esta Secretaría de Aragón se archivaba la documentación relacionada con el Santo Oficio en general