Alcance y Contenido:

Integran este vastísimo conjunto, de un lado, los papeles de Gobierno del Consejo de Indias (o sea todos los del supremo organismo, con exclusión de los Contaduría y de Justicia) y, de otro lado, papeles de varios Ministerios y sus antecedentes Secretarías de despacho, los cuales son, por tanto, papeles de gobierno igualmente, por lo cual esa palabra Gobierno, expresiva del carácter de todo este conjunto, es la que, a nuestro juicio, debe emplearse para designar a esta sección.
Es de advertir, que ya las Ordenanzas de 1790 clasificaban a los papeles de Gobierno del Consejo procedentes de Simancas de 'gran mole', 'confusa miscelánca', 'selva confusa', términos que vienen a sonar un tanto hiperbólicos, incluso por su misma reiteración. Son mayores en la mole y acaso no fueran menores en la confusión los otros grupos, del Consejo y de las Secretarías de Despacho, que con el primero forman hoy este conjunto, por determinación, al parecer, del archivero Higuera, a quien si en ello no sobró el acierto, no faltó al menos la decisión. En último término, no puede negarse cierta profunda unidad interna a toda esta enorme masa que, si en cantidad reúne la mitad de todo el Archivo y cronológicamente se extiende del principio al fin, por su calidad es toda ella de primerísimo orden. Aquí están -salvo las inevitables, y en verdad parcas lagunas que el correr de los siglos fue originando en ellos- todos los papeles del gobierno de Indias, durante más de tres centurias, por los órganos metropolitanos supremos, o sea el Consejo, en los siglos XVI y XVII y con declinante importancia y algún breve eclipse hasta 1834, y las Secretarías de Estado y del Despacho en los siglos XVIII y XIX, transformadas ya en Ministerios en el último, en sus períodos de régimen constitucional.
En esos papeles de distinguen -entremezclándose a veces de hecho- cuatro grandes clases: 1ª. Ordenes, títulos y resoluciones, de variado carácter que emanan de esos organismos y se envían a las provincias de Indias, para autoridades o particulares, o a organismos peninsulares subordinados; de este grupo han quedado registros, minutas, copias o borradores (nunca originales). 2ª. Informes, cartas, memoriales, peticiones, quejas... de autoridades de todas clases y de particulares que, año tras año, han ido llegando de las Indias -o de la península en mucha menor cantidad-; de ellos encontramos los originales mismos y bastantes veces en principal, duplicado y triplicado. 3ª. y como clase intermedia entre las dos anteriores, toda la documentación de preparación y tramitación para la resolución y despacho de asuntos en el seno de esos supremos organismos y de comunicación interna entre los componentes de los mismos; suele conservarse en sus originales y, a veces, además, en sus minutas. 4ª. Documentación originada por las necesidades de la propia institución -las de personal principalmente-, pues si cabría considerarla como parte de las tres anteriores, es aconsejable distinguirla como clase aparte. También lo es destacar, como importante subclase dentro de ella, cuantos papeles se refieran a la tarea y cuidado de archivar la documentación del organismo y, sobre todo, los inventarios. Importa tener en la mente estas cuatro clases
-sin olvidar la subclase de la 4ª.-, porque, aunque a veces anden entremezclados papeles de varias, se acusan en las clasificaciones archivonómicas, así las de origen como las actuales, y es siempre de gran utilidad encajar una serie dada en una u otra de esas clases.
Clasificación de los fondos:

La recibida y plasmada en el inventario redactado bajo la dirección del jefe del Archivo, don Aniceto de la Higuera, y que él firma en 1868, es la siguiente: En primer lugar, quince apartados, catorce de los cuales corresponden a otros tantos distritos audienciales, pues, como es sabido, las Audiencias no eran sólo tribunales de justicia, sino órganos de gobierno, y para ambas funciones tenían asignado un territorio de gran extensión, siendo así la audiencia la división territorial indiana más importante y sobre la que se ha modelado la de los modernos estados americanos, con escasas variantes y subdivisiones. El apartado décimoquinto recibe el nombre, de larga tradición en el Consejo, de 'Indiferente', y tal indiferencia lo es respecto a la localización geográfica dentro de las Indias, ya que se trata, o bien de papeles que carecen de ella, o bien -y esto es muy de tener en cuenta- de papeles con perfecta localización geográfica por sus autores y sus asuntos, pero respecto a los cuales no se toma en cuenta tal localización por algún motivo, como puntualizaremos al ocuparnos de este apartado.
A) Distritos Audienciales. Años Total de legajos

1 Santo Domingo (1511) (1) 1512-1858 2.722
2 México (1527) 1519-1856 3.196
3 Guatemala (1542) 1526-1837 970
4 Guadalajara (1547) 1533-1832 588
5 Filipinas (1583) 1574-1850 1.072
6 Panamá (1538) 1513-1825 378
7 Lima (1542) 1529-1849 1.686
8 Cuzco (1787) 1629-1833 82
9 Santa Fé (1547) 1527-1835 1.263
10 Charcas (1558) 1534-1833 741
11 Buenos Aires (1661-71 y 1783)1534-1838 624
12 Quito (1563) 1537-1847 608
13 Chile (1565) 1536-1836 473
14 Caracas (1786) 1533-1847 1.009

B) 15 Indiferente 1492-1854 3.302

Total sección.... 18.714