Alcance y Contenido:

Hay que decir que la mayoría de la documentación es del Consejo de Indias, estando los demás consejos, Estado y Real, mínimamente representados, bien dentro de las mismas series, en los intervalos de desaparición del de Indias, o bien en pequeños núcleos de documentación que apenas llegan a constituir series. Lo mismo pude decirse de otros órganos consultivos como son el Consejo de Hacienda y la Junta Consultiva de la Gobernación de Ultramar (1838-1840).

De todos los ministerios, la documentación perteneciente al de Hacienda es la más numerosa, tanto en series cuya materia es específicamente de Real Hacienda, como en otras tales como correspondencia de gobernadores, cartas y expedientes, etc. Le siguen en volumen los documentos de Gobernación de Ultramar, bien agrupados en sus series específicas (expedientes tramitados por el Ministerio de Gobernación de Ultramar) o bien dentro de otras series en los años correspondientes a la actuación de dicho ministerio: 1812 y 1821. Existe también documentación del Ministerio de Gracia y Justicia si bien mezclada dentro de series mayoritariamente del Consejo de Indias. También de la Dirección General de Ultramar y del Ministerio de Ultramar, muy escasamente representado y al final de otras series. Finalmente hay que reseñar que se encuentran también dentro de los fondos que remitió el Ministerio una pequeña cantidad de legajos correspondientes orgánicamente a la Casa de la Contratación y a Juzgados de Arribadas y Comandancias de Marina.

El resto de la documentación pertenece a la Via Reservada, es decir a las Secretarías de Estado y del Despacho, posteriores ministerios.  

Los fondos que comprenden los legajos 1 a 881 más el 1005 (formado por un libro desglosado de la documentación) tienen como fechas extremas 1605-1896, aunque salvo documentos aislados (que marcan estas fechas extremas precisamente) abarca en líneas generales de 1750 a 1850 y dentro de estos años la mayoría va de 1800-1836. Son pocos y esporádicos los documentos que pasan de 1850 y aunque más abundantes, tampoco están completas las fechas anteriores a 1800, en que empiezan verdaderamente las series continuadas, a excepción de la de 'Decretos, reales órdenes generales y circulares' que comprende 69 legajos que van continuadamente de 1750 a 1864. 

Los principales tipos documentales que aparecen dentro de los fondos correspondientes al Consejo de Indias son los siguientes:

- Reales decretos, reales órdenes al Consejo. Se refieren a nombramientos políticos y militares. Comprenden: reales órdenes originales comunicando dichos nombramientos; copias de los decretos al Consejo, para que expida los despachos o títulos correspondientes, al dorso de los cuales se apuntaba la fecha de publicación, el aviso al interesado, etc.; las minutas o copias de dichos títulos con la nota del libro registro en que quedó asentado.

- Consultas originales: Documento característico del Consejo por el cual este asesoraba al Rey para que mediante decreto dispusiera sobre el asunto consultado.

- Reales despachos: Documentos de resolución real expedidos a través del Consejo. Están escasamente representados en esta sección como serie, existiendo sólo algún libro registro. Existen también copias de reales despachos, si bien pertenecen en realidad a la Contaduría del Consejo de Indias y se reducen en cuanto a su materia a títulos.

- Expedientes: Constituyen la serie documental más extensa tanto para el distrito de Cuba y Puerto Rico como para Filipinas, y escasa para América General. A diferencia de las consultas que son documentos únicos e independientes los expedientes comprenden conjuntos de documentos interrelacionados y acumulados al correr trámite en el Consejo cualquier asunto dimanado de peticiones o cartas. Predominan los que están dimanados de peticiones o instancias que constituyen la mayoría de las subseries denominadas 'expedientes' pero hay que considerar también como parte de la misma serie la denominada 'cartas y expedientes' no sólo porque son expedientes dimanados de cartas, sino también porque mezclados con ellas se hallan cartas simplemente dirigidas al Consejo, a veces sin estar ni siquiera acordadas.

Estos expedientes del Consejo están recogidos en unos inventarios del siglo XIX que comprenden la serie general de 'expedientes vistos en el Consejo, consultas y resoluciones', y también muchos de los pertenecientes a subseries determinados por la materia o la procedencia. Existen además, en el apartado de América General, listas o relaciones de expedientes para su despacho. La naturaleza acumulativa de los expedientes plantea problemas para establecer las fechas en la descripción de los legajos. Por lo general se han respetado aquellas por los que el Archivo de origen reunió los expedientes, que varía de unas series a otras, siendo en unas las del 'visto' o primera presentación en el Consejo, y en otras las de la resolución.

- Relaciones de méritos y servicios: Son documentos normalmente impresos en los que constan como su nombre indica, los méritos de todo tipo, o servicios de autoridades, empleados o particulares de Ultramar.

A continuación de las series correspondientes al Consejo de Indias existe otra pequeña serie muy concreta que son los 'Informes de la Junta Consultiva de la Gobernación de Ultramar'. Son equivalentes a las consultas del Consejo una vez extinguido este, y se emiten sobre cualquier materia a petición de los diferentes ministerios.   

Los principales tipos documentales a través de los que se catalizan las series de la 'Via Reservada' son los siguientes:

- Decretos, reales órdenes: Son documentos dispositivos emanados por las Secretarías del Despacho sobre cualquier asunto, o de respuesta a las cartas. Se encuentran en forma de minutas o extractos constituyendo como serie núcleos reducidos en los distintos apartados geográficos, a excepción de una amplia serie en América General que comprende en su mayoría originales múltiples de órdenes circulares, a veces con acuse de recibo. También son originales las "Órdenes del Ministerio de la Guerra" al de Hacienda, trasladadas por éste a las autoridades pertinentes. Separados se encuentran reglamentos y ordenanzas relativas a las administraciones civiles y militares de América, normalmente impresos.

- Minutas de oficios de remisión ("remisiones"): Borradores de oficios de las Secretarías y ministerios remitiendo expedientes y cartas al Consejo de Indias. Con la minuta se encuentra a veces un extracto del asunto y otras los expedientes o parte de ellos.

- Correspondencia: Son las cartas de las distintas autoridades ultramarinas, o índices de las mismas, a las Secretarías o Ministerios, con acuses de recibo.

- Cartas y expedientes de la Vía Reservada: Es la serie documental más extensa en la Sección. La encontramos diversificada atendiendo a distintos criterios:

- Cartas y expedientes en general: tanto la procedencia como las materias o la vía tramitante son diversas.

- Por materias, sin que pueda establecerse la vía por la que se tramitan puesto que puede cambiar a lo largo de la serie. Tal es la de "Provisiones de empleos".

- Por materia y productor claramente definido. Tales son las correspondientes a Hacienda: Real Hacienda en general, Tribunal de Cuentas, Consulado y Comercio, Pensiones, Montepíos etc.

- Y finalmente hay otra serie para cuyo establecimiento ha sido determinante el productor: "Cartas y expedientes tramitados por Gobernación de Ultramar".

También se han incluido dentro de esta serie documental de cartas y expedientes, algunos legajos que contienen expedientes agrupados por asuntos puntuales y concretos (como elecciones de Ayuntamientos y Diputaciones provinciales) y los testimonios y expedientes sueltos sobre los más variados asuntos, segregados de las series, normalmente por su volumen.

- Expedientes e instancias de partes: Son en realidad instancias sueltas, a menudo decretadas en un margen de las mismas, y expedientes dimanados de instancias de los más variados personajes.

Separadas formando serie aparte están las 'instancias sin curso', es decir que quedaran sin tramitar.

- Estados de Real Hacienda: Son estados generales de valores de las rentas de la Real Hacienda remitidos a dicho ministerio por las autoridades delegadas en América.

- Hojas de servicios de empleados: Documentos en los que constan los datos personales y años de servicio de empleados civiles de diversas administraciones americanas y españolas.

Organización Contenidos:

La clasificación primera de la Sección es la misma que se dió a la Sección de Gobierno, es decir por apartados geográficos:

- Audiencia de Santo Domingo
- Audiencia de Filipinas
- América General

La documentación de este primer apartado geográfico se presenta a su vez dividida en dos distritos:

- Isla de Cuba. Legajos 1-404.
- Isla de Puerto Rico. Legajos 405-505.
- Los legajos 506-513 se presentaban en el Inventario antiguo, y en la Guía del Archivo, como un tercer apartado geográfico correspondiente a Luisiana y Florida. Pero este apartado geográfico no existe como tal, ya que estos legajos comprenden en realidad correspondencia de diversas autoridades del distrito de la Audiencia, entre ellas de Luisiana y Florida, y del Superintendente de la Casa de la Moneda de Madrid, con la Casa de la Contratación y con el Juzgado de Arribadas de Cádiz sobre remisiones de personas, caudales y efectos.
El segundo gran apartado geográfico es como hemos dicho la Audiencia de Filipinas que abarca el distrito de estas islas y comprende los legajos 514-699.
Por lo que toca a América General debe entenderse más que como ámbito geográfico que abarque toda América, como ámbito de materia que afecta o puede afectar a América en general, sin que falten series referentes a la Península. El carácter y contenido de este apartado es el de 'Indifrente General', termino que el Consejo usaba para designar todos aquellos papeles que por ser de carácter general eran de aplicación para toda América, o bien aquellos que aunque afectaban a ámbitos concretos convenía tener reunidos por el tema. También los que afectan a la vida interna de los organismos administrativos (Consejos, Ministerios, Casa de Contratación) y a la Península en relación con América (instancias, de empleados para su traslado allí, montepíos, etc).
Cada uno de estos apartados está a su vez dividido en ramo secular y ramo eclesiástico. La tabla sinóptica del inventario es, pues:
A.- Audiencia de Santo Domingo:
- Isla de Cuba: Ramo secular. Años 1750-1867 (Legajos 1-364)
Ramo eclesiástico. Años 1755-1848 (Legajos 365-404)
- Isla de Puerto Rico: Ramo secular. Años 1769-1867 (Legajos 405-497)
Ramo eclesiástico. Años 1736-1862 (legajos 498-505)
- Audiencia en General. Años 1717-1822 (Legajos 506-513)

B.- Audiencia de Filipinas: Ramo secular. Años 1611-1870 (Legajos 514-665)
Ramo eclesiástico. Años 1768-1875 (Legajos 666-669)

C.- América General: Ramo secular. Años 1605-1896 (Legajos 700-873, 880,881,1005)
Ramo eclesiástico. Años 1794-1840 (Legajos 874-879)